Первое на что стоит обратить внимание при выборе шаблона - это его внешний вид. Составьте для себя список важных критериев интернет-магазина, возможно вы хотите, что бы пользователь покупал товар с 1 экрана, а может быть вы хотите на первом экране большой баннер.
Второе - вам необходимо определить для себя, будет ли это адаптивный сайт или сайт фиксированной ширины, и у одного и у другого подхода есть свои плюсы и минусы.
Третья и заключительная стадия - это, если магазин не имеет настроек перекраски, определитесь с цветом для себя. Обычно берутся фирменные цвета компании.